Setelah marah dengan Bibi Marge dan secara tidak sengaja menyebabkan dia mengembang secara ajaib, Harry Potter melarikan diri dari keluarga Dursley. Harry mengambil Bus Ksatria ke The Leaky Cauldron, di mana ia bertemu Cornelius Fudge, Menteri Sihir. Fudge memberi tahu Harry bahwa Bibi Marge telah dikempiskan dan bahwa ia tidak akan dihukum. Kementerian Sihir hanya peduli tentang keselamatan Harry karena melarikan diri dari pembunuh-massa Sirius Black dari penjara sihir Azkaban. Black adalah teman baik dari keluarga dan wali Harry Potter, tapi mengkhianati keluarga kepada Lord Voldemort yang jahat. Voldemort membunuh orangtua Harry, tetapi, ketika ia mencoba untuk membunuh Harry, misterius menghilang. Setelah itu, Black membunuh teman mereka Peter Pettigrew bersama dengan 12 pengamat muggle.
Harry dan teman-temannya Ron Weasley dan Hermione Granger kembali ke Hogwarts Sekolah Sihir dan menemukan keamanan telah diperketat karena Black melarikan diri. Alasan sekarang dijaga oleh Dementor, gelap, makhluk jahat yang mengeringkan kebahagiaan orang terdekat dan penjaga penjara Azkaban. Mereka juga menyebabkan Harry pingsan. Remus Lupin, guru baru Pertahanan Terhadap Ilmu Hitam memberitahu Harry dia lebih rentan terhadap dementor karena dia telah melihat kengerian yang tulus di masa lalunya. Lupin setuju untuk mengajari Harry Mantra Patronus, sebuah perisai melawan Dementor.
Harry tertekan untuk belajar ia tidak akan diizinkan untuk mengunjungi Hogsmeade, desa setempat kebanyakan siswa diperbolehkan untuk mengunjungi di akhir pekan. Ia juga marah dengan Draco Malfoy untuk menghancurkan pelajaran pertama Hagrid sebagai guru Pemeliharaan Satwa Gaib. Malfoy sengaja membiarkan dirinya diserang oleh Buckbeak, Hippogriff kesayangan Hagrid, dan ayahnya memastikan bahwa Buckbeak yang dihukum akan dieksekusi pada akhir tahun sekolah. Sepanjang tahun, Hermione menggunakan Time-Turner untuk bepergian dalam waktu dan menghadiri kelas-kelas yang diadakan pada saat yang sama. Black berhasil masuk ke Hogwarts dua kali, tetapi tidak dapat mencapai Harry. Fred dan George Weasley menunjukkan jalan rahasia ke Hogsmeade dan memberinya Peta Perampok kepada Harry.
Selama satu kunjungan ke desa Hogsmeade, Harry hampir tertangkap saat Ron menemukan bahwa Scabbers, tikus Ron, telah menghilang. Ron yakin ia telah dimakan oleh Crookshanks, kucing Hermione, yang menyebabkan perselisihan antara dirinya dan Hermione. Hermione kemudian menemukan Scabbers di gubuk Hagrid ketika mereka bertiga mengunjunginya sebelum eksekusi Buckbeak. Dalam perjalanan mereka kembali dari pondok, tiba-tiba Ron diserang oleh anjing hitam besar dan diseret ke dalam lorong di bawah pohon ajaib, Dedalu Perkasa.
Harry dan Hermione mengikuti mereka dan menemukan dirinya dalam satu tahun, naik keatas gubuk dikenal sebagai Shrieking Shack. Mereka juga menemukan bahwa anjing merupakan animagus Sirius Black. Harry mencoba untuk menyerang Black ketika Lupin tiba. Hermione menghadapkan Lupin tentang kebiasaan dia telah diamati selama kelas dengan dia dan Lupin mengakui menjadi manusia serigala. Lupin menjelaskan bahwa dia, Black, Pettigrew, dan James Potter, ayah Harry, adalah teman baik dan menyebut diri mereka sebagai "Marauders". Untuk membuat transformasi Lupin lebih menyenangkan, teman-temannya semua menjadi Animagi, manusia yang bisa berubah menjadi binatang. Para Marauders tetap berteman setelah tumbuh dewasa, dan ketika mereka menentang Voldemort yang mengejar Potter, Black menjadi Penjaga Rahasia mereka. Namun, Black kemudian mengungkapkan bahwa dia diam-diam beralih tugas dengan Pettigrew untuk melayani sebagai umpan. Black menyadari Pettigrew adalah pengkhianat dan, daripada dibunuh oleh Black, Pettigrew menjadi Scabbers.
Lupin dan Sirius berupaya untuk mengungkapkan diri Pettigrew, dan Pettigrew mengubah dari Scabbers dan kembali ke bentuk manusia. Dia mengakui bahwa ia mengkhianati orangtua Harry, tetapi Harry menghentikan Black dan Lupin menyerangnya. Sebaliknya, Harry membujuk mereka untuk mengambil Pettigrew kembali ke kastil Hogwarts untuk membersihkan nama Sirius. Namun, ketika mereka dan mereka kembali ke kastil, bulan purnama muncul dan Lupin bertransformasi menjadi manusia serigala. Pettigrew lolos sementara para Dementor datang dan menyerang Harry dan Sirius. Mereka selamat di menit terakhir oleh Patronus yang Harry percaya itu dilakukan oleh ayahnya.
Harry terbangun di dalam kastil dan mengetahui bahwa Black telah ditangkap. Untuk menyelamatkannya, Harry dan Hermione menggunakan Time-Turner (Pembalik Waktu) untuk perjalanan kembali ke waktu lampau dan mencegah penangkapannya. Harry dan Hermione menyelamatkan Buckbeak dan kembali melihat adegan malam, sampai mereka melihat Dementor menyerang Harry dan Sirius. Harry bertekad untuk melihat siapa yang mengirimkan Patronus, hanya untuk menyadari bahwa itu adalah dirinya sendiri. Harry menyelamatkan Sirius dan melarikan diri dengan Buckbeak. Lupin, yang diketahui sebagai manusia serigala, mengundurkan diri. Harry khawatir bahwa Pettigrew dapat membantu Voldemort untuk kembali, tapi Dumbledore mengatakan mungkin Harry harus bersyukur bahwa ia telah membantu menyelamatkan nyawa Pettigrew.
